創成化学実験 計算機実験
モンテカルロ・シミュレーションによる
高分子鎖のコンホメーションと張力・伸長関係
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実習手順>目次>高分子
- 高分子用プログラムをpolymer_free.cを理解する.二量体のプログラムdimer_importance.cから変更された部分を理解する.
- グラフィックを見るなどして動作の確認をする.
- 末端間距離,慣性半径の計算を行う解析部分を追加する.
- 短い鎖を用いて解析部分がうまく動作していることを確認する.
- 実際に計算を行う際には,重合度Nを20,30,40程度にし,全MCサンプリング数M(28行目)を1000万程度にして実行する.
初期化に要するステップ数(プログラム74行目)は100万程度にする.
スナップショットを描画する間隔(プログラム80行目)を適当に調節し,描画時間がかからないように注意すること.
- データが取れた人はemacsを用いてデータをファイルに保存する.
- ホームページの「グラフの簡便な作成と印刷方法」のページに従ってグラフを作成する.
- グラフが完成した人は印刷する.
- 高分子鎖の末端を固定するプログラムを作成する.この時,任意の末端間距離に対して
計算ができるようにする.
- グラフィックを見るなどして動作の確認をする.
- 高分子鎖の末端に働く力の計算を行う部分を追加する.
- 実際に計算を行う際には,重合度Nを20,全MCサンプリング数Mを1000万程度にして,
末端間距離を0から20まで1ずつ変化させて計算を行う.
スナップショットを描画する間隔を適当に調節し,描画時間がかからないように注意すること.
- データが取れた人はemacsを用いてデータをファイルに保存する.
- ホームページの「グラフの簡便な作成と印刷方法」のページに従ってグラフを作成する.
- グラフが完成した人は印刷する.
- 課題2.2のグラフには,ランダム・フライト鎖の理論値も必要であるが,
ランダム・フライト鎖の張力・伸長関係のデータの作成方法はここ
を参照する.
- 「グラフの簡便な作成と印刷方法」のページに従って < fx >, < fy >, < fz > のグラフを作成し,印刷する.
- 「グラフの簡便な作成と印刷方法」のページに従って β f a と R/Na のグラフを作成し,印刷する.
- テキストの課題に解答できるようにコンホメーションの観察なども行うこと.
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